Sáng ngày 7 tháng 11 năm 2006, tại Hoàng Cung Tokyo, Nhật Bản, đã diễn ra buổi lễ trọng thể trao tặng Huân chương Mặt trời mọc - huân chương cao quý nhất của Nhà nước Nhật Bản - cho nguyên Thủ tướng Phan Văn Khải.

Ngày 5 tháng 1 năm 2008, tại Văn phòng Chính phủ, ông được Chủ tịch nước Nguyễn Minh Triết trao tặng Huân chương Sao Vàng trước sự chứng kiến của Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng, nguyên Tổng bí thư Đỗ Mười, Lê Khả Phiêu.[10]

Sáng ngày 8 tháng 12 năm 2014, tại TP. Hồ Chí Minh, Đảng bộ Văn phòng Chính phủ đã tổ chức trang trọng Lễ trao tặng Huy hiệu 55 tuổi đảng cho ông Phan Văn Khải.[2][11]